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A tre anni dalla morte e a un anno dalla canonizzazione di S. Chiara si iniziò nel 1257 con la costruzione della chiesa e del convento attiguo delle Clarisse, che dal 1212 avevano vissuto a S. Damiano. Il sito era quello della chiesa di S. Giorgio, dove fu sepolto S. Francesco, prima di essere traslato nel 1230 nella basilica. L‘edificio è caratterizzato dall‘esecuzione di tutto il corpo con fasce rosso e bianche e dai maestosi archi rampanti di sostegno ai due lati della chiesa. L‘interno è strutturato come la chiesa superiore di S. Francesco con una navata unica che termina in un transetto con abside poligonale. Anche qui una galleria percorre il perimetro, però, contrariamente a S. Francesco, all‘altezza dei capitelli dei pilastri. Sul lato destro della navata si apre la Cappella del Crocifisso che, insieme alla successiva Cappella del Sacramento, fu parte della navata della precedente Chiesa di S. Giorgio, dove Gregorio IX canonizzò S. Francesco nel 1228. Il „Crocifisso“ su tavola nell‘omonima cappella sarebbe quello che a S. Damiano parlò a S. Francesco, ordinandogli di sistemare la Chiesa. Dietro alla grata, reliquie di S. Francesco e di S. Chiara. Nella cappella successiva, affresco di Puccio Capanna (1340-46), „Madonna col Bambino in trono con i Ss. Chiara, Giovanni Battista, Michele Arcangelo e Francesco“, ed altri affreschi della scuola di Giotto e di Lorenzetti. Nella crociera di destra, tavola con la „Vita di S. Chiara“ del cosiddetto Maestro di S. Chiara (fine XIII sec.); affreschi sempre riferiti a S. Chiara e scene bibliche del cosiddetto Maestro Espressionista di S. Chiara (prima metà del XIV sec.). Il „Crocifisso“ nell‘abside è nuovamente attribuito al Maestro di S. Chiara (1280-90). L‘altare maggiore è racchiuso da un colonnato di 12 colonnine poligonali, opera di uno scalpellino umbro del XV secolo, con una cancellata in ferro battuto del XVIII secolo. Nella crociera di sinistra, affresco staccato con „Natività“ giottesca del XIV secolo. La tavola bizantineggiante del tipo Hodegetria sulla parete sinistra, „Madonna col Bambino“, è di un artista ignoto del XIII secolo. Nelle lunette, scene dal Vecchio Testamento, simili a quelle del ciclo superiore nella basilica superiore di S. Francesco (fine XIII sec.). Nella cripta, costruita nel 1850-72, ristrutturata nel 1935 in forme neogotiche, si conserva il sarcofago con il corpo di S. Chiara, ritrovato nel 1850.